இறுதிப் போரின் போது விடுதலைப் புலிகளின் முக்கியத் தலைவர்கள் வெள்ளைக்கொடியுடன் சரணடைய வந்தபோது சுட்டுக்கொல்லப்பட்டதாகக் கூறப்படும் 'வெள்ளைக்கொடி விவகாரம்' (White Flag Incident) குறித்து பொன்சேகா முன்னரே பல சர்ச்சைக்குரிய கருத்துகளைத் தெரிவித்திருந்தார். தற்போது ITJP அறிக்கையை முன்வைத்து, அன்றைய அரசியல் தலைமையின் உத்தரவுகள் குறித்தும், இராணுவத் தளபதியாகத் தனக்கு இருந்த சவால்கள் குறித்தும் அவர் புதிய விவாதத்தைத் தொடங்கியுள்ளார். "உண்மைகள் கசப்பானவை, ஆனால் அவை வெளிவர வேண்டும்" என்பதே பொன்சேகாவின் தற்போதைய நிலைப்பாடாக உள்ளது.
இலங்கை இராணுவம் மீது சுமத்தப்படும் போர்க்குற்றச் சாட்டுகளை முறியடிக்க சர்வதேச ரீதியிலான வெளிப்படையான விசாரணை அவசியம் எனப் பொன்சேகா வலியுறுத்தியுள்ளார். ITJP போன்ற சர்வதேச அமைப்புகள் வெளியிடும் அறிக்கைகளை வெறும் குற்றச்சாட்டுகளாக மட்டும் பார்க்காமல், அவற்றிற்கு உரிய முறையில் பதிலளிக்க வேண்டியது அரசாங்கத்தின் கடமை என அவர் சுட்டிக்காட்டியுள்ளார். அதேசமயம், விடுதலைப் புலிகளின் மீதான தனது நிலைப்பாட்டில் மாற்றமில்லை என்றும், பயங்கரவாதத்தை ஒழிப்பதில் இராணுவம் அர்ப்பணிப்புடன் செயல்பட்டதாகவும் அவர் மீண்டும் ஒருமுறை தெளிவுபடுத்தியுள்ளார்.
சரத் பொன்சேகாவின் இந்தத் திடீர் விவாதம், இலங்கையின் எதிர்வரும் தேர்தல் களத்திலும் எதிரொலிக்கத் தொடங்கியுள்ளது. குறிப்பாக, முன்னாள் ஜனாதிபதி கோட்டாபய ராஜபக்ச மற்றும் மகிந்த ராஜபக்ச ஆகியோரின் ஆதரவாளர்கள் பொன்சேகாவின் இந்தக் கருத்துகளுக்குக் கடும் எதிர்ப்புத் தெரிவித்துள்ளனர். இராணுவ ரகசியங்களைப் பகிரங்கப்படுத்துவது தேசத்துரோகம் என அவர்கள் விமர்சித்து வருகின்றனர். இருப்பினும், நீதியையும் உண்மையையும் நிலைநாட்டத் தான் அஞ்சப் போவதில்லை எனப் பொன்சேகா தெரிவித்துள்ளதால், இந்த விவாதம் சர்வதேச அளவில் இலங்கைக்கு மேலும் நெருக்கடியை ஏற்படுத்தலாம் எனத் தெரிகிறது.